أكد الباحث القبطي جورج فهمي، أن النهج الذي اتبعته الكنسية المصرية، في إطار دعمها للانقلاب العسكري يعمل على عزل المسيحيين، وعزز من سطوة الكنيسة واختزال المسحيين فيها وحرمانهم من التعبير عن آرائهم كمواطنين مصريين، كما حذر من صفقات الكنيسة مع الدولة لأنها تجعل الكنيسة جزءًا من النظام السياسي.
قال جورج فهمي -في دراسة له نشرها موقع "isn" السويسري-: إن التغييرات التي قامت بها الدولة مكنت الكنيسةَ من استعادة مكانتها باعتبارها الممثل الوحيد للأقباط؛ حيث شددت السيطرة على المجال العام، ما أدى إلى فقدان الحركات الشبابية القبطية قدرتها على التعبئة، كما فقَدَ السياسيون الأقباط نفوذهم؛ حيث لا يرى النظام الجديد أي أهمية للأحزاب السياسية.
وحول تعميق الكنيسة لعزلة الأقباط، قال الباحث: "بسبب هذا النهج، حُرم كثير من الأقباط من حقوقهم باعتبارهم مواطنين مصريين، لأن الكنيسة والنظام حاولا في كثير من الأحيان التوصّل إلى تسويات خارج إطار القانون"، مشيرا إلى أن هذا الأمر يزيد من تعميق عزلة الأقباط ويثنيهم عن الانضمام إلى الأحزاب أو الحركات السياسية، من خلال تشجيع أعضاء الكنيسة على الاعتماد على الزعماء الأقباط لإيصال مطالبهم السياسية والاجتماعية.
وأضاف فهمي: ينبغي على الكنيسة أن تتحول من الاعتماد على الدولة إلى الاعتماد على المجتمع المدني, من خلال الخطاب والأنشطة"، مشددا على أن مشاركة الكنيسة في صفقات مع الدولة أو الأحزاب السياسية لها عواقب وخيمة لأنها تجعل الكنيسة جزءًا من النظام السياسي".