بلغ عدد شهداء مجزرة المدينة الجامعية للأزهر 3 شهداء، فيما بلغت الإصابات نحو 250 من طلاب جامعة الأزهر، ما بين إصابات خرطوش في مختلف أنحاء الجسم أو الاختناق جراء الغاز السام الذي استخدمته ميليشيات الانقلاب في اقتحام مبنى المدينة الجامعية في الساعات الأولى لفجر اليوم.